La provincia encomendó a la entidad la prestación de los servicios a la Administración Pública, que comprende la transferencia y depósito de los recursos de coparticipación federal de los impuestos nacionales, y demás fondos nacionales, en las cuentas corrientes abiertas en la entidad; además de la distribución a los municipios de los recursos de coparticipación provincial, pago de haberes a los agentes y funcionarios públicos y de la atención de órdenes de pago a los proveedores.
A efectos de garantizar el servicio como Agente Financiero de la Provincia de Río Negro, el Banco creó la Gerencia de Sector Público.
Quejas
El Banco de Río Negro no pudo quedar al margen de la ola de privatizaciones de los ‘90 que, entre otros rubros, hizo que seis bancos provinciales quedarán en manos de capitales privados, por lo que desde 1996, el actual Banco Patagonia es el agente financiero del estado rionegrino, dejando en poder del Estado apenas el 3% de las acciones.El Banco Do Brasil compró a los socios controladores el 51% de las acciones, y así la provincia de Río Negro tiene como agente financiero a una entidad transnacional, y abre la discusión y análisis con miras al próximo año.
En los últimos años se escucharon voces de dirigentes políticos de distintas representaciones partidarias planteando que Río Negro necesita una entidad pública provincial que cumpla con el Artículo 92 de la Constitución Provincial, aunque no necesariamente debería ser agente financiero de la Provincia. La discusión está planteada.
No son pocos los clientes del Banco Patagonia que se han quejado por los onerosos servicios que presta la entidad y los costos que cobra por ellos ademas de las tasas que aplica a loe agentes público que son cautivos de la entidad por el convenio que esta mantiene con la provincia de Río Negro.