En lo que fue sin dudas su mejor época a nivel mundial, Boca obtenía su tercera Copa Intercontinental un día como hoy hace 22 años. Un 14 de diciembre de 2003, el Xeneize, al que se le había hecho costumbre disputar estas instancias, se impuso al Milan de Carlo Ancelotti por 3-1 en los penales después de igualar 1-1 en los penales. De esta manera, el club de La Ribera, nuevamente comandado por Carlos Bianchi, obtuvo el último título de este calibre alcanzado por un equipo argentino.
El comienzo del Siglo XXI fue inmejorable para un Boca que levantó la Copa Libertadores en 2000, en 2001, y en 2003 y estaba nuevamente en Japón para buscar una nueva conquista luego de vencer al Real Madrid en el 2000 por 2-1 y quedarse a las puertas ante Bayern Múnich al año siguiente tras perder por 1-0 en tiempo suplementario.
Esta vez, la Copa Intercontinental iba a pintarse nuevamente de azul y amarillo, pero no sin sufrimiento. Milan se adelantó en el marcador por el gol de Jon Dahl Tomasson a los 23 minutos, pero cinco más tarde Matías Donnet fue el encargado de restablecer la igualdad. El tiempo iba a transcurrir con el 1-1 inamovible y, después del tiempo extra, llegaron los penales. Allí, Roberto Abbondanzieri quedó inmortalizado: primero le tapó el penal a Andrea Pirlo y luego sacó con el pie un defectuoso remate a Alessandro Costacurta (el neerlandés Clarence Seedorf falló su tiro) para servirle a Raúl Cascini la definición. El Mosquito no falló y Boca se consagró por tercera vez.
Desde entonces hubo dos cambios de disputa en el torneo continental, pero una cosa siguió vigente: ningún argentino volvió a consagrarse. El Mundial de Clubes, que empezó a jugarse desde 2005 tuvo a Boca en 2007 (cayó contra el Milan por 4-2), Estudiantes en 2009 (perdió 2-1 con Barcelona en tiempo extra), San Lorenzo en 2014 (fue víctima de Real Madrid por 2-0) y River (fue goleado 3-0 por Barcelona) alcanzando la final, pero sin éxito. Desde el año pasado, la Copa Intercontinental recobró su nombre por la reinvención del Mundial de Clubes a un torneo de 32 equipos, pero hasta el momento no tuvo participantes de nuestro fútbol.